Вы не указываете, какую версию вы используете, но я использую ReSharper 6.1, и, хотя я могу установить цвет переднего плана, цвет фона среды, кажется, перекрывает настройку цвета фона волнистой линии. Как писал @Piers Myers, он доступен через Tools-> Options-> Environment-> Fonts and Colors-> ReSharper Warning.