Я думаю, что с помощью размышлений вы можете изменить ответ Собственности, но он не будет записан в сборку, в которой он находится.
PropertyInfo nameProperty = typeof (Version).GetProperty ("Version");
FieldInfo versionField = nameProperty.GetBackingField ();
versionField.SetValue (assemby.GetName().Version, <Version you want>);