Это может быть связано с тем, что PHP блокирует несколько запросов, использующих одни и те же сеансы.
Если ваш долгосрочный сценарий начал сеанс, никакие другие запросы от того же пользователя не будут обслуживаться, пока этот сценарий не завершится,или закрыли сеанс.
Если вашему долго выполняющемуся сценарию не нужны какие-либо специфичные для сеанса данные, вы можете попробовать запустить session_write_close() в начале сценария (но после встраиваниязаголовочные файлы WP) и посмотрите, работает ли он лучше.