Вы уверены, что не путаете порты, которые вы можете установить в веб-проекте, с портами, которые будут работать в эмуляторе? Это не одно и то же. VS может использовать IIS Express или Cassini, которые позволят вам настроить порты для веб-приложения. Однако эмулятор Windows Azure использует реальный IIS, который не имеет ничего общего с портами, выбранными в веб-проекте.
Дело в том, что эмулятор будет пытаться взять 80 и постепенно увеличивать его каждый раз, когда видит резервирование или связанное приложение. Иногда вам нужно перезапустить его (и подождать около 2 минут), если вы видите, что он продолжает расти все выше и выше. Большинство людей увидят, как эмулятор захватил 81, потому что их веб-сайт IIS по умолчанию уже привязан к порту 80. Если вы хотите 80, просто зайдите в inetmgr и удалите привязку порта 80 с веб-сайта по умолчанию (или удалите сайт). В следующий раз, когда вы запустите эмулятор, он возьмет 80.