Mongo отлично подходит для хранения похожих, но разных объектов в одной коллекции, если ваше приложение может с этим справиться.
Являются ли пользователи, добывающие данные, потомком активных пользователей? Если это так, то вы, вероятно, захотите сохранить их в документах активных пользователей. Вам не нужен постоянный доступ к ним - MongoDB позволяет вам извлекать части документа, если вам все это не нужно.
Будете ли вы запрашивать их по-другому? Если это так, вы можете сохранить их отдельно, чтобы ваши индексы не раздуты.
Будете ли вы запрашивать любой из них с запросами, которые не попадут в индексы? Если это так, вы захотите разделить их, чтобы вам не приходилось каждый раз выполнять полное сканирование коллекции.