CodeIgniter Active Record является непрактичным для смешивания AND и OR в запросе.
Скорее всего, вам придется составить часть запроса вручную, например, что-то вроде:
$this->db->where("col1 = $value AND col2 = $value2");
$this->db->or_where("col1 = $value2 AND col2 = $value");
Альтернативно, в вашем примере, где есть только два конкретных столбца и два значения, следующая идея также должна работать:
$this->db->where_in('col1', array($value, $value2));
$this->db->where_in('col2', array($value, $value2));
$this->db->where('col1 != col2');