См. Мой код ниже, DEMO здесь
var $divs, curPointer = 0; curOpacity = 0;
function rotateDivs() {
$divs.eq(curPointer++).animate({opacity: curOpacity}, 1000);
if (curPointer == $divs.length) {
curPointer = 0;
curOpacity = (curOpacity == 0)? 1: 0;
setTimeout(rotateDivs, 5000);
} else {
setTimeout(rotateDivs, 3000);
}
}