Этот вопрос немного устарел, но у меня git ws
есть псевдоним git rebase --whitespace=fix
Вы можете настроить похожий псевдоним, запустив
git config --global alias.ws 'rebase --whitespace=fix'
Это будет принимать любые коммиты, которые вы еще не выдвинули, и повторно применять их после исправления пробела только на тех линиях, которые вы изменили.