Попробуйте вместо этого:
var query =
from foo in db.Foos
join bar in db.Bars on foo.ID equals bar.FooID
where foo.ID == 45
select bar;
В любом случае, я предлагаю вам смоделировать отношение между Foo и Bar в конструкторе EDM, так что вам не нужно явное соединение:
var query =
from foo in db.Foos
where foo.ID == 45
from bar in foo.Bars
select bar;