Насколько я знаю, вы не можете сказать Mercurial использовать другую оболочку в Windows (но я думаю, что вы можете на хосте Linux)
Вместо этого вы могли бы вызвать свой скрипт-ловушку в другой оболочке, а эта оболочка выполнить другой скрипт или набор команд. Это грязно, но, к сожалению, Windows не знает, что имеет отличную поддержку сценариев, особенно по сравнению с * nix-платформами.