Как правило, установка приложений .NET CF выполняется через CAB-файл. Если вы говорите на корпоративном уровне, такие устройства, как Motorola / Symbol, имеют дополнительное устройство центрального сервера, которое может управлять всем этим для вас и передавать приложения на устройства.
Кроме этого, если вы хотите выполнить автоматическое обновление приложения .NET CF, это определенно возможно с помощью веб-службы, чтобы проверить версию #, а затем загрузить список обновленных файлов, возвращенных из веб-службы.
Хитрость в том, что вы не можете обновлять файлы, которые уже используются. Поэтому для достижения этой цели я имел большой успех при загрузке файлов в каталог приложения с расширением «.update» в конце расширения файла. Затем при следующем перезапуске приложения, прежде чем приложение связывается с другими сборками, оно обновляет все с расширением «.update».