Вам нужно будет создать новые встроенные документы для каждого документа, который существует в другой коллекции.
Например, допустим, у вас есть сообщение и комментарий, а комментарий принадлежит сообщению. Прямо сейчас ваши комментарии находятся в коллекции под названием «комментарии». Вам нужно будет пройтись по каждому из ваших сообщений или комментариев и создать встроенный комментарий в правильном сообщении.