Это не бесплатно (или даже дешево!), Но Aspose.Words должно быть в состоянии сделать это. Их ознакомительная загрузка позволит вам играть с небольшими файлами.
Должны ли файлы назначения быть документами? Вы можете открыть документы в Office и сохранить их в формате HTML. Тогда разделение становится тривиальным. RTF также является жизнеспособным вариантом, но я не могу рекомендовать хороший RTF-парсер на макушке.
Редактировать, чтобы сказать: Я только что вспомнил другое возможное решение: Джейкоб , но вам понадобится экземпляр Office, работающий на той же машине. Это сокращение от Java COM Bridge и позволяет вам вызывать библиотеки COM в Office для манипулирования документами. Я уверен, что это не так страшно, как может показаться!