Я предполагаю, что вы разрабатываете на стороне сервера какое-то веб-приложение.
В этой ситуации я бы достиг чего-то вроде Perl :: HTTP :: Proxy.
Вместо того, чтобы указывать свой IFRAME непосредственно на внешний сайт, наведите его на «прокси» процесс (страница, сервлет, скрипт PHP, не имеет значения) на вашем собственном сайте. Этот код извлекает содержимое URL-адреса, переданного ему, и отфильтровывает некорректный рекламный код перед отправкой измененного ответа.
Я не могу комментировать законность или этику этого; в зависимости от ситуации, кто-то может быть не рад тому, что вы размещаете его контент, но не показываете рекламу, за которую получают деньги.