В основном это зависит от используемой вами версии.
Для ранних версий 1.0 и 1.1 jogl по умолчанию использовал другой поток для рендеринга.Для версии 1.1.1 было переключено по умолчанию на использование потока AWT.
Это можно контролировать вручную из командной строки, используя -Djogl.1thread=true
для принудительного однопоточного рендеринга в потоке AWT или -Djogl.1thread=false
для принудительного применениямногопоточный рендеринг (по одному на холст) вне потока AWT.
В более новой версии Jogl предусмотрен специальный набор инструментов NEWT, который будет выполнять рендеринг вне потока AWT.
The Jogl 1.0 /1.1.1 поведение потоков описано здесь: http://download.java.net/media/jogl/doc/userguide/ в разделе «Проблемы многопоточности»
Более подробную информацию о потоках NEWT можно найти здесь: http://jogamp.org/jogl/doc/NEWT-Overview.html