Мне лично не нравится добавлять вещи в PYTHONPATH через переменную окружения по этой самой причине.Я подозреваю, что причина в том, что ваша переменная окружения PYTHONPATH имеет область действия, отличную от той, что использует Apache.Например, ваша переменная может быть локальной для вашего пользователя, в то время как Apache работает только с системными переменными среды.
Я считаю более надежным полностью обойти переменные среды, добавив файл ".pth" к вашему сайту.каталог пакетов.Выполните следующий код из интерпретатора Python:
import distutils.sysconfig
print distutils.sysconfig.get_python_lib()
Это распечатает местоположение вашего каталога "site-packages".Посетите этот каталог (из командной строки или проводника Windows) и создайте в нем файл с именем «MyPythonPath.pth» (или что-то еще с расширением «.pth»).В него включайте каждое значение, которое вы хотите добавить в PYTHONPATH, в отдельных строках:
C:\Path\to\first\directory
C:\Path\to\second\directory
При следующем запуске Python эти папки будут добавлены в ваш путь, независимо от того, где вы его запускаете - до тех портак как вы всегда используете один и тот же интерпретатор Python.