Pandoc v1.9 только что был выпущен и имеет много улучшений, включая добавление внутренних и внешних ссылок на устройство записи EPUB.Также обратите внимание, что pandoc поддерживает вывод DocBook, в котором сообщество имеет свои собственные независимые пути к EPUB через XSLT.
Также проверьте страницу «Дополнительно» в вики Pandoc, меня недавно взволновал «фильтр» Адитьискрипт, но не уверен, что это будет полезно для вашего случая использования.