Если возможно, создайте новый SWF-файл, который встраивает текущий SWF-файл флэш-памяти и отключает события мыши, используя:
mc.mouseEnabled = false;
Вы можете управлять новым SWF, определив ExternalInterface и вызов из javascript, используя:
document.getElementById('flash-obj').ExternalMethodInFlash();