Я второй на CSV-файлах.Однако также может быть удобно использовать файлы свойств, одна строка которых представляет одну матрицу.Примерно так:
property.test="A,B,C;A1,B1,C1;A2,B2,C2";
И затем использование java.util.Properties для чтения файла.
Синтаксический анализ: хитрость здесь заключается в выборе разделителей, они не должны присутствовать в записяхсамих себя.
String str = "A,B,C;A1,B1,C1;A2,B2,C2";
String[] rows = str.split(";");
if(rows != null && rows.length > 0){
String[][] result = new String[rows.length][];
for(int row = 0; row < rows.length; row++){
result[row] = rows[row].split(",");
}
}