Обычно все должно идти хорошо, когда вы устанавливаете все подключаемые модули в Indigo, которые есть в Helios. Затем вы просто открываете свое рабочее пространство с помощью Helios, все готово, но, конечно, может быть выполнена полная компиляция рабочего пространства.
Насколько я знаю, у Indigo были некоторые проблемы с поддержкой Maven, я не знаю, было ли это исправлено.