Использовать группу по и иметь вместо
select destination from table1
where destination in ('chi','usa','ind')
group by destination
having count(*)>1
Если вы хотите удалить их и сохранить один, это становится немного грязным. Это, вероятно, самый короткий путь, но это немного взломать.
delete from destination where id not in (
select max(id) from table1
where destination in ('chi','usa','ind')
group by destination
)