Лучшим способом было бы использовать ExternalInterfaces для вызова вашего SWF извне (например, с помощью javascript), но я думаю, это то, что вы имели в виду, говоря "нет способа редактировать исходное видео".
как насчет обходного пути, подобного: 1 нажмите кнопку остановки и вызовите функцию js, которая 2 удалит video.swf с вашей страницы, а 3 добавит ее снова
best, kris