Предполагая, что вы пытаетесь запустить файл java jar, используйте команду, подобную этой:
start /d "%~dp0" java -jar "%~dp0\fpa.jar"
% ~ dp0 расширяется до буквы диска и пути, по которому находится пакетный файл. Используйте это, если вы хотите убедиться, что PWD при запуске находится в том же месте, что и командный файл. В противном случае используйте juse
start java -jar "%~dp0\fpa.jar"
Это обеспечит работу пакетного файла, даже если вы запустите его, если он не находится в том же каталоге, что и файл jar, если файл jar находится в том же каталоге, что и файл пакета.
Возможно, вам нужно убедиться, что Java находится на вашем пути, указав строку типа
set path=jre6\bin;%PATH%
Кроме того, вы можете исключить всплывающие окна командной строки (например, для программы с графическим интерфейсом), используя javaw
вместо java
.