Ну, во-первых, проблемы с воспроизведением на самом деле не будут иметь большого отношения к вашему встраиваемому коду, хотя это поднимает вопрос о том, почему вы ориентируетесь на FP6. Если это не требование клиента, я бы использовал более современную версию flashplayer.
Я думаю, что предварительная загрузка / буферизация большей части FLV - хорошее решение, если это видео с прогрессивной загрузкой. Из того, что я прочитал, похоже, проблема с прогрессивными flv'ами, поэтому, если вы можете переключиться на потоковую передачу, это может решить проблему. Я также читал, что у flv, в частности, есть проблемы с синхронизацией аудио / видео, так что если вы можете перейти на flash player 9, который поддерживает mov, h.264 и mp4.