Попробуйте:
LD_PRELOAD=./mylib.so ./program.sh -flags
Обратите внимание на путь перед mylib.so
Мой опыт показывает, что лучше использовать полный путь, например,
LD_PRELOAD=/home/source/mylib/mylib.so ./program.sh -flags
Осторожно используйте экспорт, как упомянуто выше.
Это может вызвать все виды непреднамеренных проблем.