Похоже, что Chrome применяет заполнение из двух разных правил: nav.main li (3%), если он отключен, он применяет заполнение из nav li (1,5%).Если оба эти правила отключены, все они отображаются в одной строке.
Вероятно, именно так webkit интерпретирует строку padding :.Вы можете попробовать сделать padding-left, padding-right и посмотреть, поможет ли это.
Вы также можете использовать набор инструментов разработчика Chrome (Ctrl + shift + I) и использовать его для включения или отключения различных стилей, чтобы увидеть, как они применяются.