Разметка в файлах ASPX / ASCX может содержать токенизированные ссылки, поэтому это не должно быть проблемой.
<%@ Assembly Name="$SharePoint.Project.AssemblyFullName$" %>
Вам нужно быть осторожнее с веб-частями и рабочими процессами. В обоих случаях полное имя сборки, реализующей веб-часть или рабочий процесс, сохраняется в базе данных контента.
Я предлагаю вам не обновлять номер версии сборки, если вы не планируете запускать новую версию и старую версию параллельно. В случае, если вы вносите изменения, которые будут влиять на развернутые в данный момент ресурсы, вам следует изменить версию файла сборки. Вы по-прежнему сможете различать сборки, но не будете разрывать ссылки на сборки.
См. Настройка управления версиями сборок в SharePoint Automated Build для получения дополнительной информации по этому вопросу.