Вы решили проблему, но, вероятно, не знаете почему. Вероятно, важно знать, что было не так и почему делать то, что вы сделали, это исправить, чтобы вы могли избежать повторения.
Скорее всего, проблема в том, что ваш файл SettingsWindowViewController.m не был членом цели iPhone_PNP, которую вы строили. Проекты - это просто контейнеры; цели на самом деле создают вещи, и если файл находится в проекте, но не назначен цели, он не будет собран.
Удаление файлов и их повторное добавление по умолчанию для добавления их к текущей цели. Возможно, вы видели список с флажком в нем и не обращали на него внимания, но именно этот флажок решил проблему.
Более простой способ сделать это в будущем - просто перетащить исходный файл в цель или выбрать Получить информацию о нем и установить флажок цели на вкладке Общие.