Полагаю, ваш файл относительно короткий.
Вы звоните BufferedReader.readLine()
, что, пытаясь быть эффективным, - это поглощать большую часть потока файлов, а не проходить через него символ за символом.
Если вам нужен более точный контроль над тем, что вы читаете, возможно, стоит использовать реализацию InputStream
прямо вверх.