memcpy - довольно быстрый способ копирования памяти. Это часто присуще компилятору и высоко оптимизировано. Если он слишком медленный, вам, вероятно, придется искать другой способ ускорить вашу программу.
Я ожидаю, что быстрое копирование памяти - это не самый низкий результат в программе.
Некоторые другие возможности могут состоять в том, чтобы копировать меньше памяти или копировать реже. Посмотрите, сможете ли вы профилировать свою программу, чтобы проанализировать ее производительность и найти самые большие возможности.
Редактирование: с вашим редактированием кажется, что проблема в том, что у вас недостаточно времени для обработки некоторых данных одновременно между моментом, когда вы замечаете, что их нужно обработать, и временем, когда поступает больше данных. Решением в этом случае может быть, как отметил один из комментаторов, наличие дополнительных буферов, между которыми вы можете переключаться. Таким образом, у вас может быть время обработать данные в одном, пока другой заполнен.