Я использовал Apache Derby для аналогичного приложения (хотя написано в основном на Java). Они используют его уже почти четыре года и провели с ним более 60 000 транзакций без особых проблем. Только случайная ошибка с моей стороны.
Derby - это та же база данных, что и JavaDB, однако с Derby проще следить за выпусками, так как вы можете просто включить ее как зависимость, а не ждать, когда выйдет следующая версия JDK.
Кроме того, IIRC, JavaDB включен только в JDK, но не в JRE.