Если я не забываю что-то, это должно быть так же просто, как установить флаг isTouchEnabled для слоя, который вы не хотите получать, прикасается к NO. Так что-то вроде ...
CCLayer* myTopLayer;
CCLayer* myBottomLayer;
myTopLayer.isTouchEnabled = YES;
myBottomLayer.isTouchEnabled = NO;
Теперь только верхний слой должен получать прикосновения. Другой трюк, который вы можете сделать, - это масштабировать нижний слой до очень маленького значения, чтобы пользователь не мог его коснуться. Что-то вроде ...
myBottomLayer.scale = 0.01f;
Затем уменьшите его до 1,0, когда будете готовы.