Темы, связанные с этим, обсуждались, как правило, с предположением, что для содержимого Flash должен быть установлен непрозрачный wmode (я считаю, что это сделано, а не проблема здесь).
В моем случае, часть JQueryдиалог вверху, а часть внизу.Очевидно, что материал может появляться поверх флеш-видео (потому что часть уже есть), но я не знаю, почему большая часть его появляется под Flash.