Я предполагаю, что у вас есть версия MySQL Workbench для сообщества?
Я думаю, что документирование базы данных с помощью операторов CREATE будет достаточно близко к тому, чего вы пытаетесь достичь.
Выберите все таблицы в своей схеме (представление редактора SQL), щелкните правой кнопкой мыши и выберите «Отправить в редактор SQL» -> Создать оператор.
Затем вы можете сохранить файл, который состоит из каждой таблицы в вашей базе данных.
Пример:
CREATE TABLE `country` (
`Code` char(3) NOT NULL DEFAULT '',
`Name` char(52) NOT NULL DEFAULT '',
`Continent` enum('Asia','Europe','North America','Africa','Oceania','Antarctica','South America') NOT NULL DEFAULT 'Asia',
`Region` char(26) NOT NULL DEFAULT '',
`SurfaceArea` float(10,2) NOT NULL DEFAULT '0.00',
`IndepYear` smallint(6) DEFAULT NULL,
`Population` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`LifeExpectancy` float(3,1) DEFAULT NULL,
`GNP` float(10,2) DEFAULT NULL,
`GNPOld` float(10,2) DEFAULT NULL,
`LocalName` char(45) NOT NULL DEFAULT '',
`GovernmentForm` char(45) NOT NULL DEFAULT '',
`HeadOfState` char(60) DEFAULT NULL,
`Capital` int(11) DEFAULT NULL,
`Code2` char(2) NOT NULL DEFAULT '',
PRIMARY KEY (`Code`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1$$
delimiter $$
CREATE TABLE `countrylanguage` (
`CountryCode` char(3) NOT NULL DEFAULT '',
`Language` char(30) NOT NULL DEFAULT '',
`IsOfficial` enum('T','F') NOT NULL DEFAULT 'F',
`Percentage` float(4,1) NOT NULL DEFAULT '0.0',
PRIMARY KEY (`CountryCode`,`Language`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1$$
Если вам выпала стандартная (коммерческая) версия, есть некоторые функции, которые могут быть прямо у вас на пути:
http://www.mysql.com/products/workbench/features.html