Вы, вероятно, должны использовать что-то вроде Dictionary для подсчета строк.
Dim dict As New Dictionary(Of String, Integer)
Do
line = LineInput(1)
line = Trim(line)
If dict.ContainsKey(line) Then
dict(line) += 1
Else
dict.Add(line, 1)
End If
Loop While Not EOF(1)
И затем распечатать элементы в словаре
For Each line As String In dict.Keys
swriter.WriteLine(line & " " & dict(line))
swriter.Flush()
Next