Я бы сделал это с Windows Workflow Foundation. Вы можете легко создать рабочий процесс, который проверяет различные FTP-серверы параллельно. Вся активность проверки серверов FTP может выполняться многократно (навсегда), спя 10 секунд. Вы даже можете использовать функцию отслеживания, чтобы вести глобальную регистрацию, чтобы не нужно было выполнять отдельные действия.
Рабочий процесс можно легко запустить в службе. Просто создайте сервис в Visual Studio, переопределите событие OnStart и используйте его для совместной настройки хоста рабочего процесса (для ведения журнала), а затем просто запустите рабочий процесс.