Возможно, я думаю.
Учитывая, что сборка мусора является настолько интенсивным процессом, есть ли причина, по которой он происходит каждые 6 секунд? Я не знаком с IBM JVM или конкретным алгоритмом сбора, который вы используете, поэтому я не могу комментировать их. Тем не менее, существует несколько хороших документов по настройке, предоставленных Sun (теперь предлагаемых Oracle), в которых обсуждаются различные типы коллекторов и время их использования. См. эту ссылку для некоторых идей.
Одним из способов доказать свою теорию может быть добавление некоторого кода, который регистрирует время, когда было запрошено соединение, и время, когда оно фактически было выделено. Если кажется, что пики ЦП, связанные с ГХ, совпадают с более длительными временами при распределении соединений, то это подтвердит вашу теорию. Тогда вашей проблемой станет то, как ее обойти.