Удалить каталог из git и local
Вы можете оформить 'master' с обоими каталогами;
git rm -r one-of-the-directories
git commit -m "Remove duplicated directory"
git push origin <your-git-branch> (typically 'master', but not always)
Удалить каталог из git, но НЕ локально
Как уже упоминалось в комментариях, обычно вы хотите удалить этот каталог из git, но не удалять его полностью из файловой системы (локальной)
В этом случае используйте:
git rm -r --cached myFolder