Аналогичная проблема: мы попытались установить приложение MVC4 / .NET 4 на блок IIS6, настроить все, как описано, и получили ту же ошибку:
Directory Listing Denied
This Virtual Directory does not allow contents to be listed.
Для нас окончательным решением было добавить модуль UrlRoutingModule в web.config:
<add name="UrlRoutingModule"
type="System.Web.Routing.UrlRoutingModule, System.Web.Routing, Version=4.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31BF3856AD364E35" />
Это имеет смысл, но я не знаю, почему мы должны были явно добавить его, а другие - нет. (Мы работаем в каталоге под Sharepoint, может быть связано ...)