Node_delete()
имеет проверку доступа для разрешения на удаление внутри него.
Попробуйте снова с анонимными пользователями, которым разрешено удалять узлы.
Также попробуйте добавить
drupal_bootstrap(DRUPAL_BOOTSTRAP_DATABASE);
Если это не сработает, вы можете попробовать перейти к фазе сеанса:
drupal_bootstrap(DRUPAL_BOOTSTRAP_SESSION);
и, наконец, полная версия:
drupal_bootstrap(DRUPAL_BOOTSTRAP_FULL);