CSS не влияет на время загрузки, кроме размера вашего CSS-файла.
В ваших примерах первое и второе с точки зрения структуры HTML в точности совпадают.
3-й пример недопустимой разметки.
Если вы хотите оптимизировать время загрузки, используйте как можно меньше разметки и CSS.
Тем не менее, не переусердствуйте. Существует прагматическая середина, поскольку вы хотите, чтобы разметка была семантической и удобочитаемой, чтобы ее можно было поддерживать.
Поскольку список навигации, как правило, представляет собой список ссылок, списки представляются подходящими:
<ul>
<li>Main level link
<ul>
<li>Child level link</li>
</ul>
</li>
</ul>
И не было бы необходимости в классах, так как вы можете ссылаться на уровни в вашем css как:
.navigation li {style main level links}
.navigation li li {style secondary level links}