Перевод проекта в режим только для чтения действительно полезен, когда вы создаете другой экземпляр из предыдущего проекта. Таким образом, вы копируете все файлы из старого проекта, а затем вносите изменения в новый экземпляр. Очень просто по ошибке редактировать файлы из старого проекта (они имеют одинаковые имена)!
Serg, если вы используете linux, я предлагаю перевести все файлы в режим только для чтения с помощью chmod в терминале:
sudo chmod 444 -R /path/to/your/project
После этой операции Eclipse сообщит вам, что файл, который вы пытаетесь редактировать, находится в режиме только для чтения. Я думаю, этого достаточно, чтобы сделать предыдущий проект безопасным:)