GetCurrentDirectory
возвращает этот каталог, потому что, когда планировщик запускает приложение по умолчанию. Если вы хотите узнать каталог, в котором находится ваш двоичный файл, вы можете использовать
Assembly.GetExecutingAssembly().Location
Мне также было бы интересно узнать, установлен ли у вас каталог «Start In» в вашей запланированной задаче - параметр, который также должен указывать текущий каталог приложения при его запуске.