Вы понимаете, что используете только сканер типа System.in, верно?Это означает, что вы даже не смотрите на файл, вы смотрите только на ввод пользователя.Это независимо от того, закомментирована ли первая строка или нет.Чтобы использовать файл, вы можете использовать FileInputStream или пару других классов обработки файлов.
<code>
FileInputStream fs = new FileInputStream(new File("matrix1.txt"));
//do stuff with the stream
Вот java-документация для FileInputStream: http://download.oracle.com/javase/1.4.2/docs/api/java/io/FileInputStream.html
Редактировать: После просмотра вашего комментария о том, что было в действительности, я понял, что с кодом больше проблемчем просто способ обработки ввода.Ваша ошибка почти наверняка происходит в одном из первых двух методов доступа к массиву, вызовах arr 1 .trim ().Это означает, что пользовательский ввод не имеет ничего справа от знака "=", или в пользовательском вводе нет знака "=".