Откройте Source Control Explorer, отметьте свой модуль, нажмите F2 и введите новое имя.
Модуль появится в окне ожидающих изменений с типом изменения «переименовать».
Предположим, у вас был модуль с именем test.txt, который участвовал в 3 ревизиях. Затем он переименовывается в itsatest.txt Когда я получаю историю для файла itsatest.txt, я получаю это: 
На моем жестком диске test.txt не существует после переименования.
Тот же принцип работает и с папками.
РЕДАКТИРОВАТЬ после комментария
Проблема в том, что я сделал все это переименование локально в моей файловой системе ... Я не
хочу потерять все эти изменения, потому что я также изменил пространства имен в
код и т. д.
Понятно.
Один из способов - скопировать весь каталог куда-нибудь из вашей рабочей области.
Затем удалите его из своего рабочего пространства и заберите его из системы контроля версий с помощью «Получить определенную версию» и «Перезаписать все файлы, даже если локальная версия соответствует указанной версии».
Перейдите к переименованию и регистрации.
Выполните сравнение каталогов между вашим локально сохраненным каталогом и каталогом, который вы только что переименовали. Все ваши измененные файлы должны появиться.
Проверьте их и скопируйте и вставьте их вручную в рабочее пространство.
Это должно решить ситуацию.
Я почти уверен, что помню еще одну публикацию TFS SO, в которой рекомендовалось «никогда не смешивать ожидающие изменения с ожидающими переименованиями» - кажется, не могу найти его ATM ...