Можно, если два FBO были созданы в 2 разных контекстах.
Однако, чтобы объединить их вместе на экране в одном окне, потребуется передать их обратно программному обеспечению, а затем обратно аппаратному обеспечению в контексте окна. Это будет медленнее, чем просто рендеринг их обоих в основном контексте в одном потоке.
Вам лучше сосредоточиться на том, чтобы сделать рендеринг в одном потоке, если он будет в одном окне, и сосредоточиться на потоке в другом месте. Отбор и физика - отличные места для потоков (если они у вас есть), но для рендеринга один поток на контекст является основным правилом (и каждое окно в значительной степени будет означать один контекст).