Вы также можете использовать ячейки:
A=cell(1,3); %% or A=cell(1,2); if you want to output only 2 matrices
A{1}=B;
A{2}=C;
A{3}=D;
Если ваши матрицы имеют одинаковый размер, вы также можете объединить их:
A=zeros(m,n,3);
A(:,:,1)=B;
A(:,:,2)=C;
A(:,:,3)=D;