counts = {}
mydict = {'a':[1,2,5], 'b': [1,2,10]}
for key,value in mydict.iteritems():
counts[value[1]] = counts.get(value[1], 0) + 1
Вам нужны скобки, а не скобки, чтобы получить элемент из словаря.
Кроме того, вы делаете это трудным путем.
from collections import defaultdict
# automatically start each count at zero
counts = defaultdict(int)
# we only need the values, not the keys
for value in mydict.itervalues():
# add one to the count for this item
counts[value[1]] += 1
или
# only on Python 2.7 or newer
from collections import Counter
counts = Counter(value[1] for value in mydict.itervalues())