Вы можете отключить автоматическое git suport в Предпочтения-> Команда-> Git
Для включения / выключения отдельных проектов перейдите в Project Explorer-> щелкните правой кнопкой мыши-> Team
здесь вы можете поделиться (включить git repo) и отключиться.
надеюсь, это поможет