Я искренне сомневаюсь в этом. Точка входа на рабочем столе и точки входа Windows CE для приложения оболочки сильно различаются, поэтому даже если код будет компилироваться (а LiteStep почти наверняка использует API не в Windows CE), он не будет выполнять замену оболочки.
Не могли бы вы переработать код LiteStep, чтобы в конечном итоге заставить его работать на CE? Возможно, но это, вероятно, займет больше времени, чем просто начинание с нуля и создание замены Shell в CE.